En el marco del programa se desarrollan 3 grandes línea de generación y aplicación del conocimiento -LGAC-. El proceso de integración de los estudiantes a estas LGAC inicia al final del proceso de ingreso cuando se pide a los aspirantes una terna de profesores/área, en orden de interés, con el cual quisieran desarrollar su trabajo de investigación durante el primer año y, en su caso, su tesis de maestría, asignándose a éstas con base en la capacidad del profesor y/o laboratorio para recibir al aspirante, al momento de ser aceptado en el programa se asigna al laboratorio correspondiente. Si bien pudo trabajar en un laboratorio durante el primer año, ello no lo obliga a realizar su tesis en ese mismo laboratorio; por tanto, dependiendo de su interés en el momento de plantear su proyecto de tesis, el estudiante puede cambiar de tutor por el que será el director de su tesis. Así, su formación se produce en el marco del trabajo de investigación constante derivado del desarrollo del proyecto, integrado a uno de los laboratorios, por lo que los trabajos desarrollados por los estudiantes se vinculan con las líneas generales de interés de los directores. Un aspecto fundamental es que el estudiante está obligado a desarrollar su investigación en el marco del laboratorio del tutor o director de tesis; sin embargo, no está limitado a ello, pues tiene la libertad de, cumpliendo con los objetivos propuestos semestralmente, trabajar en colaboración con otros estudiantes o laboratorios que suponen colaboración con distintas LGAC.
Las LGAC desarrolladas son:
- Investigación en conducta animal: integra el trabajo de seis profesores del programa, que realizan trabajos relacionados con percepción y toma de decisiones, simulación de procesos básicos de aprendizaje, cognición y comportamiento comparado, elección y modelos animales. Para el desarrollo de estos proyectos se dispone de 6 laboratorios de investigación animal, 5 para roedores y 1 para aves, equipados con 62 cajas de experimentación para el estudio de la conducta operante, tales como cajas operantes, cajas de evitación y escape, laberintos radiales, así como prototipos desarrollados por los alumnos y profesorado del programa. Cuenta con un bioterio con capacidad para 500 ratas / hámsteres y aves. Los animales son reproducidos en las instalaciones del CEIC, con el apoyo de personal veterinario del Centro Universitario de Adscripción.
- Investigación en conducta humana: un total de 10 profesores del programa desarrollan proyectos de investigación agrupados en esta LGAC, abordando áreas tales como comportamiento social, aprendizaje humano complejo, categorización y ajuste a ejemplares y toma de decisiones. Se dispone de 3 laboratorios para el estudio de la conducta humana, especializados en el estudio de infantes, adultos, de manera individual y en grupos, que cuentan con 2 cámaras Gessel, 15 computadoras de escritorio con sistema de pantalla táctil, así como equipo de observación, video y audio grabación, registro y análisis de video y audio, entre otros.
- Investigación aplicada en comportamiento: un total de 4 profesores del programa desarrollan proyectos de investigación insertados en esta LGAC, centrándose en el estudio de aspectos vinculados con la aplicación del conocimiento generado en el laboratorio, con un sesgo hacia la puesta en marcha de procesos de intervención en contextos no experimentales. Entre los fenómenos estudiados destacan el análisis contingencial, el análisis de las competencias, la pertinencia de las TIC, la adquisición de habilidades, el comportamiento científico, bienestar animal y conservación de especies, entre otros. Para ello, se dispone, por ejemplo, de acuerdos con el Zoológico de Guadalajara que permite el ingreso a las instalaciones para realizar de estudios en condiciones de cautiverio de diferentes especies animales, particularmente con primates, y vínculos con centros CONACyT, como el INECOL, para realizar estudios en ambientes naturales.